Первый релиз Knoppix состоялся 30 сентября 2000 года. Изначально дистрибутив представлял набор прикладных программ с открытым исходным кодом, которые можно было запускать прямо с компакт-диска без установки на жёсткий диск.

Работа над проектом началась в 2000 году. Клаусу Кнопперу хотелось из любопытства изучить, как работает загрузка «el torito». В то время очень были популярны аварийные диски для GNU/Linux размером с кредитную карточку.

Распространение и популярность дистрибутив получил после того, кода был представлено на ежегодной конференции LinuxTag, а к 2003 году Knoppix уже насчитывал 8 тысяч ежедневных загрузок.